電影: Kappei Yamaguchi

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傳奇海賊獅鬼再度現身東方藍海域，打算摧毀世界政府。他擄走奈美，草帽海賊團則勇闖一座奇異之地。...

柯南和少年偵探團在參觀一座西多摩市新建的「雙塔摩天大樓」時，意外的發現了黑暗組織成員琴酒（Gin）。之後就發生了命案。 命案還沒結束，共通點是每名死者身邊都會留下一個小酒杯。就在柯南和少年偵探團找尋兇手時，琴酒也得知他正在找的叛徒雪莉將在不久之後參加西多摩雙子大樓的落成典禮，並準備在典禮上把她暗殺。 在會場上，短暫的黑暗又有一人死亡。現場也留下了同樣的小酒杯，暗示兇手和之前的是同一人。就在警方和毛利小五郎追查案件的時候，琴酒引爆了藏在大樓內的炸彈，銷毀了情報，同時將頂樓的柯南一行人陷入了危險...

鈴木園子的叔叔次郎吉不甘心失敗，決定再次向怪盜基德發出挑戰。這位壞脾氣的大叔斥巨資製造了巨型的飛船貝爾·雪利二世號，並以鑲嵌有名貴寶石「天空的貴婦人」的戒指作賭注，邀請基德前來挑戰，看他能否在東京到大阪的這6小時時間內完成這項困難的任務。柯南、小蘭等人理所當然也接到邀請，甚至電視台的人也興師動眾前來。隨着時間的流逝，雙方的對決悄悄展開。另一方面，恐怖組織紅暹羅貓也登上了飛船。此前不久，紅色暹羅貓襲擊了國立東京微生物研究所，並盜走一種致命的病毒。...

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開場由警官驅車追捕兩個搶超市的罪犯，佐藤美和子警官用高超的駕駛技術迫使罪犯的汽車翻車，當問及作案動機時，罪犯吐出在神海島上有「Jolly Roger」。 而柯南他們前往位於太平洋中的美麗小島「神海島」渡假。這座島嶼自古流傳著一則有關於沉沒在海底的古代遺跡「海底宮殿」，以及300年前實際存在的女海盜「安·寶尼」、「瑪麗·麗德」所遺留下來的寶藏傳說。 在毛利小五郎的帶領下，小五郎、小蘭、園子、阿笠博士、少年偵探團一行人來到神海島。小蘭與園子在海底宮殿附近海底潛水，少年偵探團則在玩神海島觀光安排的...

「我想請你們幫我解決某起事件，但如果你們失敗的話……」 在神秘委託人的招待下，小五郎與柯南一行人來到了神奈川縣橫濱市。一行人受邀來到一座遊樂園，沒想到卻掉入神秘男子所設下的陷阱。小蘭、灰原與少年偵探團，也因此落入敵人手中成為人質。時間限制為12個小時，如果不在時間內解開男子所出的謎題，小蘭他們身上的炸彈就會爆炸。 「你能了解失去心愛的人，是什麼樣的心情嗎？工藤。」 這名男子居然知道柯南其實就是工藤新一？！這名男子的真正身份，難道是……就在同時，「關西的高中生偵探」服部平次的青梅竹馬遠山和葉...

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怪盜基德再度發出預告信，目標是俄羅斯羅曼諾夫王朝的皇室祕寶「記憶彩蛋」。柯南與服部聯合保護「記憶彩蛋」，因毛利小五郎將作案時間推理錯誤使基德得逞，但基德於逃走中途被不明人物狙擊。自此引出一連串疑問，柯南將解開一連串事件。...

最近發生一連串音樂家遭到殺害的事件，而所有被害者生前都曾在某個知名鋼琴家所舉辦的音樂學校上過課。某日，柯南一行人受邀前往參加這位鋼琴家所興建的音樂廳之落成紀念音樂會，在這場世界著名音樂家雲集的音樂會中，最受矚目的主角是一名天才女歌手，沒想到卻傳出有人企圖暗殺這名女歌手的消息；雖然柯南在千鈞一髮之際出手相救，讓她得以躲過殺手的暗殺，但犯人並未就此放棄，反而將欲殺害的目標轉移到柯南等人身上。犯人的魔掌不斷朝着柯南等人伸出，他這麼做的目的，難道是想要阻撓這場音樂會嗎？ 音樂會當天，柯南在進入會場之前...

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奈美病倒了，草帽海賊團為了替她求醫，來到圓鼓屋頂島。大夥在此結識名叫東尼東尼·索柏的馴鹿醫生，還碰上瓦波爾手下的海賊。...

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大阪 京都，正在錄製"皐月杯"百人一首記者會的大阪地標·日賣電視台突然發生爆炸，千鈞一髮之際，急忙趕來的柯南救出了被困在崩塌大樓中的平次與和葉，而另一側，"皐月杯"冠軍在京都屋內遭人殺害，監控器裡所顯示出的是——紅葉...原作中的重要角色，百人一首高中生冠軍，自稱"平次未婚妻"的大岡紅葉，將首次在劇場版中登場，新一和小蘭的關係也將發生變化......

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