電影: Ikue Otani

在東京高峰會即將舉行的前一週，位於東京灣的「海之邊緣」發生爆炸事件，當時在場的公安警察發生傷亡。而意外的是，在現場竟然發現了毛利小五郎的指紋，使柯南感到相當不對勁。 同一時間，在現場竟然發現了安室透的身影。當柯南向安室詢問捏造犯人的理由時，安室卻僅以「我有東西非得拼命守護不可」來答覆。在此之後，公安警察的行為越來越令人百思不解。 正當案件即將劃出一道曙光時，案件竟演變成了一場大危機——犯人利用即將返回地球的探測器「天鵝號」，要使其撞上警視廳。在柯南和安室的合作下，成功使其轉道，但卻使「天鵝號...

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身為黑衣組織一員的科學家宮野志保(代號雪莉)，開發出了神秘的毒藥APTX4869。那就是讓工藤新一變小的藥！但是，黑衣組織殺了她的姊姊明美，因此雪莉決定背叛組織，自己也吞下了APTX4869。服藥後身體縮小的她，化名為灰原哀，隱藏起真實身分。雖然只有一點點，但黑衣組織確實在她的心裡蒙上了一層陰影。 糟糕的是，她再次與黑衣組織的幹部‧琴酒打照面，面臨性命危急的「與黑衣組織的再會」；在碰上巴士挾持事件的車上，感受到組織成員氣息，有著赴死決心的「神秘乘客」；以及故事的最高潮，在豪華列車內，被逼到驚險絕...

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由於阿笠博士家的浴室在進行整修，柯南於是跟著毛利蘭、灰原哀一同來到大眾澡堂洗澡，卻在澡堂意外滑了一跤而失去意識。這時候，有兩名男子自告奮勇開車載柯南送醫急救，其實他們兩人包括凶惡殺手近藤，當時正好在澡堂秘密完成了某項任務，卻因為對柯南有所顧忌而決定將他帶走。只是當柯南恢復意識醒過來時，卻因跌跤時頭部所受之重擊而喪失了記憶。 另一方面，一位名為香苗的女訪客來到了毛利偵探事務所，目的是委託調查外遇。對美女完全沒抵抗力的小五郎，跟隨香苗一同前往原本從事便利屋的丈夫的工作地點，小五郎也因此看到了香苗丈夫...

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故事圍繞著19世紀末與海盜船一同沉入海底、世界上最大的藍寶石“紺青之拳”展開。柯南首部以新加坡為舞台的劇場版，柯南VS基德VS京極真！柯南新身分登場！首次變身「亞瑟・平井」！怪盜基德大展身手，從日本飛到海外竊取寶物，再展雄「姿」！空手道高手京極真首次以關鍵人物登場！...

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