電影: Wakana Yamazaki

以東京為中心發生六件大範圍的連續殺人事件，引起警政高層的重視，柯南意外地發現「黑色組織」涉及整個事件! 如果他們知道工藤新一還活着的話，那麼新一與柯南的夥伴們會不會一併遭到追殺?! 知道事態危險的柯南又如何獨自展開搜查.....

鈴木園子的叔叔次郎吉不甘心失敗，決定再次向怪盜基德發出挑戰。這位壞脾氣的大叔斥巨資製造了巨型的飛船貝爾·雪利二世號，並以鑲嵌有名貴寶石「天空的貴婦人」的戒指作賭注，邀請基德前來挑戰，看他能否在東京到大阪的這6小時時間內完成這項困難的任務。柯南、小蘭等人理所當然也接到邀請，甚至電視台的人也興師動眾前來。隨着時間的流逝，雙方的對決悄悄展開。另一方面，恐怖組織紅暹羅貓也登上了飛船。此前不久，紅色暹羅貓襲擊了國立東京微生物研究所，並盜走一種致命的病毒。...

滿月之夜的鑽石偷盜事件，怪盜基德擺脫了警察的包圍網，華麗地逃走了。江戶川柯南在獨自追捕基德時，遭遇了石川五右衛門的襲擊。柯南方才明白是雷朋三世假扮基德犯案，而這次的對手將是雷朋三世。 雷朋三世之後將目標轉向「幻之秘寶」櫻桃藍寶石。收到雷朋三世預告函的目暮十三等人，迎來了雷朋三世潛入搜查官錢形幸一，他們開始合力抓捕雷朋三世。雷朋三世則在寶石順利得手後，聽從峰不二子的要求，將寶石交給了神秘男子亞倫·史密西。他的目的到底是什麼？ 與此同時，來到日本的還有超人氣海外偶像艾米力歐·巴瑞帝。但艾米力歐收...

最近發生一連串音樂家遭到殺害的事件，而所有被害者生前都曾在某個知名鋼琴家所舉辦的音樂學校上過課。某日，柯南一行人受邀前往參加這位鋼琴家所興建的音樂廳之落成紀念音樂會，在這場世界著名音樂家雲集的音樂會中，最受矚目的主角是一名天才女歌手，沒想到卻傳出有人企圖暗殺這名女歌手的消息；雖然柯南在千鈞一髮之際出手相救，讓她得以躲過殺手的暗殺，但犯人並未就此放棄，反而將欲殺害的目標轉移到柯南等人身上。犯人的魔掌不斷朝着柯南等人伸出，他這麼做的目的，難道是想要阻撓這場音樂會嗎？ 音樂會當天，柯南在進入會場之前...

在某個漆黑的夜晚，日本警察內部遭到間諜入侵。間諜企圖竊取英國的MI6、德國的BND與美國的CIA甚至FBI的機密資料，在千鈞一髮之際被安室透率領的公安警察發現。間諜只好搶車逃走，在高速公路上與安室展開競速追逐，在險些波及其他車輛而釀成重大事故的瞬間，間諜的車被FBI的赤井秀一的來福槍子彈擊中，並從公路上墜落。隔天，柯南等人到改建後盛況空前的東都水族館遊覽。 在作為特色景點的大型摩天輪下，柯南發現一位外貌端莊、孤身一人的受傷女性，又看出她左右瞳孔顏色相異，也就是俗稱的「odd-eyes」。但是，...

毛利偵探事務所突然接到一通威脅電話，路上的汽車就在小五郎的眼前爆炸了。「藍色的少年與藍色的斑馬，從天而降的雨……」——根據犯人寄來的挑戰書，若不能解讀謎之暗號，便無法阻止接下來的爆炸。小五郎和毛利蘭在米花市內來回奔走，卻完全找不到破解暗號的方法。而正當柯南與灰原哀和少年偵探團一起、沉浸在觀看最愛的足球比賽的快樂之中的時候，得知了威脅電話的事情，為了解讀暗號柯南獨自一人離開了球場，卻得知了無人能夠阻止的恐怖事實。...

大阪 京都，正在錄製"皐月杯"百人一首記者會的大阪地標·日賣電視台突然發生爆炸，千鈞一髮之際，急忙趕來的柯南救出了被困在崩塌大樓中的平次與和葉，而另一側，"皐月杯"冠軍在京都屋內遭人殺害，監控器裡所顯示出的是——紅葉...原作中的重要角色，百人一首高中生冠軍，自稱"平次未婚妻"的大岡紅葉，將首次在劇場版中登場，新一和小蘭的關係也將發生變化......

「我想請你們幫我解決某起事件，但如果你們失敗的話……」 在神秘委託人的招待下，小五郎與柯南一行人來到了神奈川縣橫濱市。一行人受邀來到一座遊樂園，沒想到卻掉入神秘男子所設下的陷阱。小蘭、灰原與少年偵探團，也因此落入敵人手中成為人質。時間限制為12個小時，如果不在時間內解開男子所出的謎題，小蘭他們身上的炸彈就會爆炸。 「你能了解失去心愛的人，是什麼樣的心情嗎？工藤。」 這名男子居然知道柯南其實就是工藤新一？！這名男子的真正身份，難道是……就在同時，「關西的高中生偵探」服部平次的青梅竹馬遠山和葉...

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身為黑衣組織一員的科學家宮野志保(代號雪莉)，開發出了神秘的毒藥APTX4869。那就是讓工藤新一變小的藥！但是，黑衣組織殺了她的姊姊明美，因此雪莉決定背叛組織，自己也吞下了APTX4869。服藥後身體縮小的她，化名為灰原哀，隱藏起真實身分。雖然只有一點點，但黑衣組織確實在她的心裡蒙上了一層陰影。 糟糕的是，她再次與黑衣組織的幹部‧琴酒打照面，面臨性命危急的「與黑衣組織的再會」；在碰上巴士挾持事件的車上，感受到組織成員氣息，有著赴死決心的「神秘乘客」；以及故事的最高潮，在豪華列車內，被逼到驚險絕...

由於阿笠博士家的浴室在進行整修，柯南於是跟著毛利蘭、灰原哀一同來到大眾澡堂洗澡，卻在澡堂意外滑了一跤而失去意識。這時候，有兩名男子自告奮勇開車載柯南送醫急救，其實他們兩人包括凶惡殺手近藤，當時正好在澡堂秘密完成了某項任務，卻因為對柯南有所顧忌而決定將他帶走。只是當柯南恢復意識醒過來時，卻因跌跤時頭部所受之重擊而喪失了記憶。 另一方面，一位名為香苗的女訪客來到了毛利偵探事務所，目的是委託調查外遇。對美女完全沒抵抗力的小五郎，跟隨香苗一同前往原本從事便利屋的丈夫的工作地點，小五郎也因此看到了香苗丈夫...

在東京高峰會即將舉行的前一週，位於東京灣的「海之邊緣」發生爆炸事件，當時在場的公安警察發生傷亡。而意外的是，在現場竟然發現了毛利小五郎的指紋，使柯南感到相當不對勁。 同一時間，在現場竟然發現了安室透的身影。當柯南向安室詢問捏造犯人的理由時，安室卻僅以「我有東西非得拼命守護不可」來答覆。在此之後，公安警察的行為越來越令人百思不解。 正當案件即將劃出一道曙光時，案件竟演變成了一場大危機——犯人利用即將返回地球的探測器「天鵝號」，要使其撞上警視廳。在柯南和安室的合作下，成功使其轉道，但卻使「天鵝號...

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