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上集唯一的生還者七原秋也及中川典子逃出荒島後3年，秘密成立了反BR法組織「七原組」與政府對抗，而軍方竟將幾次恐怖襲擊的罪名加在他們身上，並安排新一次「大逃殺」對付他們！ 今次被選中的是鹿之砦中學3年B班，任務是3日內於荒島的基地，鬥快殲滅七原秋也及其黨羽，將其殺死，並且加入了更殘忍的新規則 — 相同學號的男女學生被編成兩人一組，只要其中一個被殺，同一學號同學的頸圈亦會即時引爆！失敗者只有死路一條，一場學生間的大廝殺再度展開！...

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本劇場版緊接TV版第27話。在27話良太郎一行人為了追蹤異魔神而回到過去，但他們卻不知道自己已經落入了牙王的圈套。當良太郎等人消滅完異魔神並想回到Den-Liner的時侯，卻發現Den-Liner已經被牙王劫持……眾人被逼留在過去，最壞的情況是良太郎失去了成為電王的所有記憶，桃泰諾斯也因此不能附上良太郎的身體。在機緣巧合下，良太郎遇到10歲時的良太郎（劇中用“小太郎”代替）和異魔神齊格，並且在櫻井的幫助下，開始了追蹤Den-Liner之旅。另一方面，回到江戶時代的牙王成功奪得神之列車Gao-Li...

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