電影: Keiko Nemoto

第四次忍界大戰結束的兩年後，此時此刻的漩渦鳴人（竹內順子配音）早已成為蓋世英雄一般的人物，無論他走到哪裡都受到女孩子和小朋友的喜愛與追捧，他似乎也有其享受這樣喧囂歡鬧的氛圍。與之相對，壁花小姐日向雛田（水樹奈奈配音）則始終站在角落裡，默默注視著這個她喜歡了多年的男孩子。雛田親手為鳴人織了圍巾，怎奈無法鼓足勇氣交給對方，喜歡的話語更難以說出口。某個夜晚，雛田的妹妹花火（淺井清己配音）遭到不明身份之人劫持，帶火的隕石則落在附近的山坡之上。為了救回花火，阻止地球毀滅，鳴人，雛田，小櫻（中村千繪配音），...

神秘的忍者軍團襲擊木葉忍者村！原來他們是「空之國」忍者—空忍，從前被木葉消滅的國家。他們用上現代化兵器展開排山倒海的攻勢，令到木葉瀕臨滅國危機。 醫術高明的神農及其徙弟亞丸到達木葉，希望木葉首領—綱手派出忍者小隊，前往亞丸的故鄉拯救鄉民。原來空忍亦襲擊亞丸的故鄉，尋找空忍的舊時總部遺址。 木 葉首領—綱手於是命令奈良鹿丸和旗木卡卡西等人反擊空忍，而漩渦鳴人和春野櫻和日向雛田則跟隨神農回到亞丸的故鄉，發現了空忍的總部遺址，可是神農卻被空 忍殺死了。另一方面，背叛了木葉的宇智波佐助受命於大蛇丸帶回...

由於在火之國的木葉忍者村接受了第五代火影─綱手所指派的任務，鳴人、小櫻、祭和大和一行人來到了名為「樓蘭」的廢墟，並和在此地企圖奪取「龍脈」力量的 百足流氓的魁儡軍團戰鬥，在此時，百足先行一步將封印「龍脈」之力的封印式吞噬，並產生極強大的力量，在這力量當中，鳴人和大和兩人因而捲入時空的漩渦當 中，並同時失去了意識。 轉眼間，場景回到20年前，此時的「樓蘭」，是個高塔林立，位於沙漠中央的一座大城。鳴人醒來之後，發現自身居然 身處異地，就在此刻，魁儡兵團再次襲來，且力量顯得更強，即便鳴人開始學習如何...

某晚，桂小太郎在橋上遭到試刀殺人的武士襲擊，一瞬間桂便倒臥在血泊之中…… 這名武士的行為使得町內居民人心惶惶。過沒多久，伊麗莎白至萬事通拜訪，與新八、神樂、定春一同搜尋桂的下落。另一方面銀時則是去接受村田鐵矢、鐵子兄妹的委託，要求尋找失蹤的妖刀－紅櫻。 看似同時發生卻沒關係的兩件事情，最後卻慢慢的整合起來，並發現了預料外的人物之陰謀正在進行中……...

電影故事背景設定在五代和六代之間，故事劇情是以京都國際學校為舞台，女主角凌曉雨，接受了某個委託潛入了京都的國際學校，目的是要調查一個名叫＂神谷真＂的少年。神秘的真卻總是能甩開曉雨的跟蹤，再加上謎之少女艾莉莎的作弄，曉雨的搜查行動始終無法順利進行。然而，這其中似乎還隱藏著三島財閥的血腥陰謀...除了電影原創的男主角神谷真與來自遊戲的女主角凌曉雨是以學生的身分登場之外，系列玩家熟悉的老面孔李超狼與巖龍，也搖身一變成為學校教師，以京都國際學校歷史老師與三島高等專科學校體育老師的身分登場，相當逗趣。...

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